TL; DR: vai all'ultimo paragrafo per sapere come aumentare lo spazio di swap ed evitare l'intasamento della memoria. Inoltre, non utilizzare pip per numpy e scipy.

Per ottenere l'ultima versione di scipy sul raspberry Pi devi compilare dal sorgente. Il motivo principale è che scipy si basa su librerie compilate C e fortran, che devono essere compilate sulla stessa architettura. Di solito pip install recupera i pacchetti precompilati per te, ma l'architettura ARM di Raspberry Pi non è realmente supportata.

Se questo fosse tutto ciò di cui hai bisogno, sarebbe relativamente facile (le istruzioni principali possono essere trovato qui e sono riassunti di seguito), ma c'è un ulteriore problema con il raspberry pi che ho realizzato solo dopo una settimana di ricerche e tentativi ed errori (salta alla fine se hai solo bisogno della correzione) , il che è dovuto, credo, alla piccola quantità di memoria disponibile.

Cercherò di riassumere l'intero processo (in modo che le persone non debbano saltare su Internet come ho fatto io) .

Requisiti

Ci sono alcuni requisiti per la creazione di scipy. Per quanto riguarda i pacchetti python, avrai bisogno di numpy , cython , setuptools e (se vuoi creare la documentazione) Sphinx . Dovresti provare a usare la versione di questi pacchetti fornita con Raspbian (in pacchetti come python3-numpy ), ma potrebbe essere necessario compilarli separatamente (OT).

Per quanto riguarda i requisiti di sistema, avrai bisogno di alcuni pacchetti che possono essere installati con apt-get , vale a dire:

• A Libreria matematica BLAS / LAPACK con intestazioni di sviluppo, ad es libopenblas-base e libopenblas-dev;
• python-dev;
• C e Fortran compilatori, gcc e gfortran;

Infine ti serve il codice sorgente, che puoi scaricare da qui (Scipy 1.0.0 è l'ultima versione stabile mentre sto scrivendo) Quindi è solo una questione di tar -xzvf scipy-v1.0.0.tar.gzcd scipy

Compilazione del sorgente

A questo punto, se avvii il processo di compilazione, sembrerà andare bene, ma si bloccherà dopo pochi minuti.

Aggiunta di uno swap più grande spazio

Ciò è dovuto al fatto che lo script di compilazione occupa la totalità della RAM e della memoria di swap generando più processi (e replicando la memoria di conseguenza). Il problema è che nel Raspberry Pi lo spazio di swap è particolarmente piccolo (solo 100 MB credo), mentre la norma sarebbe averlo della stessa dimensione della RAM.

Come spiegato qui e qui, lo spazio di swap può essere aumentato digitando quanto segue:

  sudo / bin / dd if = / dev / zero of = / var / swap.1 bs = 1M count = 1024sudo / sbin / mkswap /var/swap.1sudo chmod 600 /var/swap.1sudo / sbin / swapon /var/swap.1  

che ti darà 1 GB di spazio di swap.

Quindi puoi finalmente costruire e installare con

  python3 setup.py buildpython3 setup .py install --user  

(puoi eliminare il --user flag se vuoi installarlo a livello di sistema, ma avrai bisogno dei privilegi di root ).

Infine, si rimuove lo swap extra e si ripristina il valore predefinito:

  sudo swapoff /var/swap.1sudo rm /var/swap.1  

Installa utilizzando una ruota per pi. Potrebbe non essere l'ultimo scipy ma è abbastanza aggiornato.

• update pip: pip install pip --upgrade (o pip3 , adattalo alla tua versione di python)
• vai su https://www.piwheels.org/simple/scipy/
• seleziona la versione di scipy e piattaforma di destinazione (es. armv6l per pi zero e precedenti pi; armv7l per 3)
  • esempio: scipy-1.2.1-cp35-cp35m-linux_armv7l.whl su un modello 3 B
• scarica il file .whl
  • utilizzando ad esempio: wget https://www.piwheels.org/simple/scipy/scipy- 1.2.1-cp35-cp35m-linux_armv7l.whl # sha256 = 270be300233af556e6ee3f55a0ae237df0cb65ac85d47559010d7a9071f2e878
• vai alla posizione in cui è stato scaricato .whl e: pip install the-scipy-file.whl

Note :

• questo può essere fatto in un ambiente virtuale (appena testato)
• questo è modo più veloce di qualsiasi altro metodo che ho visto o provato.

Debian, come ha sottolineato Riccioli d'oro, non sempre viene fornita con le ultime versioni dei pacchetti. A volte viene fornito con versioni molto antiche , come la sua distribuzione Netpbm, che è scaduta da oltre 12 anni.

Ci sono due modi per affrontare questo problema:

Tieni presente che potrebbero esserci ancora problemi di dipendenza, poiché la versione corrente (0.14 o giù di lì) potrebbe richiedere pacchetti dipendenti più recenti di quelli che Raspbian conosce. Se puoi, prova a utilizzare uno strumento come checkinstall che dirà a Raspbian che hai installato una versione più recente con dipendenze speciali, in modo che non venga calpestato dappertutto negli aggiornamenti di routine. Questo processo è un po 'complicato; alcuni suggerimenti su come farlo sono qui: Come creare un pacchetto Debian / Ubuntu dai sorgenti?

Non sono un utente Python, ma la (probabile) ragione per la vecchia versione è che la politica di Debian impiega una quantità di tempo a volte eccessiva per aggiornare le versioni, inoltre il pacchetto potrebbe essere oscuro (quindi aggiornato anche meno) , inoltre raspbian stesso è piuttosto oscuro in relazione a Debian (quindi i pacchetti sono aggiornati ancora meno). Cioè, è una conseguenza delle risorse disponibili (le persone che mantengono i pacchetti, che di solito non sono gli sviluppatori a monte).

dopo più di un'ora di lavoro si sono conclusi con alcuni errori

Presumibilmente questo è un problema con la compilazione di uno o più moduli, anche se in realtà non hai detto quale fosse l'errore. La compilazione di moduli python dovrebbe principalmente funzionare su pi, penso, ma tieni presente che è un'architettura insolita per tali, con librerie compilate appositamente per questo. Sfortunatamente, questo comporta il rischio di bug precedentemente inosservati in qualche parte o in un'altra superficie (se vuoi trovare bug in un linguaggio compilato - parti di alcuni moduli python sono in C - prova a compilare il codice su alcune piattaforme diverse, lol ...). Individuare il colpevole richiederebbe un po 'più di lavoro e prestare attenzione agli errori specifici.

Sono riuscito a installare scipy con "pip install scipy", dopo molti tentativi, aumentando la dimensione di swap a 2048 su un Raspberry 4 con 2 Gb.

1) Aumenta lo swap a 1 GB

  sudo dphys-swapfile swapoffsudo vim / etc / dphys-swapfile  

CONF_SWAPSIZE = 1024

  sudo dphys-swapfile swapon  

2) Riavvia per applicare le modifiche di scambio

  sudo reboot  

3) Rispetto a build, ecco il mio Dockerfile

  FROM python: 3-alpineMAINTAINER codertarasvaskivRUN apk add --no-cache g ++ gfortran python3-dev openblas-dev bashRUN pip install --no-cache-dir numpyRUN pip install --no-cache-dir scipyRUN pip install --no-cache-dir <my pacchetto personalizzato>ENTRYPOINT ["bash"]  

Così è ci vogliono 10 minuti per costruire numpy, che quasi 3 ore per costruire scipy in container.

Su alcune distribuzioni (ad esempio Arch Linux Arm), sono disponibili pacchetti precompilati come python-scipy , python-numpy e python-matplotlib . A seconda della versione di Python predefinita nella distribuzione e dei tuoi requisiti, potrebbe anche essere python3- * . Potrebbe essere necessario rimuovere i pacchetti installati in precedenza e le loro dipendenze affinché questi pacchetti vengano installati dai repository della distribuzione invece che da pip . Il pacchetto Python pip-autoremove può essere utile perché pip non rimuove alcuna dipendenza.